La oportunidad de hacer cine le llegó a Basterretxea de la mano del industrial y mecenas navarro Juan Huarte, quien quería realizar una película sobre el conjunto de empresas del grupo que dirigía. Para ello encargó un guion a Nestor y otro a Jorge Oteiza, con la condición de que el autor del guion que más le gustara sería el que dirigiera la película. Ganó Nestor, que en 1963 realizó una obra maestra, convirtiendo una obra de cine industrial en cine experimental.

Solo un pequeño texto en off al comienzo explica la película y el resto de la banda sonora es música de Luis de Pablo, en su primer trabajo para el cine. En sus títulos de crédito podemos leer Montaje y esculturas de Oteiza, Fotografía de Marcel Hanoun, entre otros. Son 12 minutos, en los que se trata de unir el arte y la investigación estética con el diseño industrial realizado en las empresas del grupo Huarte, titulados Operación H. Con su ayudante Fernando Larruquert creó, lejos de la órbita de X Films, la productora de Huarte, una nueva productora, a la que denominaron Frontera Films, localizada en Irun, donde ambos realizadores crearon, en codirección, sus siguientes tres películas.

En 1964 realizaron Pelotari (12'), cortometraje documental sobre la pelota vasca. En la película se exhiben todas las modalidades de la pelota en un ritmo palpitante y cambiante, conformando los movimientos de los pelotaris una coreografía. Es clara la intencionalidad estética en el color, montaje y banda sonora. Hasta cuarenta pelotaris aparecen en esta realización en 35 mm Techniscope, que ganó la Medalla de Plata de la Sección Iberoamericana en el Festival de Bilbao de 1964.

En 1966 Basterretxea y Larruquert dirigieron Alquézar (15'), cortometraje documental sobre la villa medieval del mismo nombre, situada en las estribaciones del Pirineo de Huesca. En la película, Alquézar parece detenida en el tiempo, en un espacio religioso con una constante temporal religiosa. También fue rodada en 35 mm y en color.

El hito de 'Ama-lur' Basterretxea y Larruquert, a continuación quisieron rodar un largometraje que recogiera el sentir y la vida del pueblo vasco y para ello idearon Ama-lur (Tierra madre) (1968) (103'). El resultado fue una película que marcó un antes y un después en lo que luego sería el cine vasco. En la cinta, entre infinidad de caras anónimas, aparecen famosos y conocidos personajes, entre los que destacan Juan de la Cosa, Juan Sebastián Elcano, Francisco de Vitoria, Juan de Garay, Mauricio Zabala, Domingo de Irala, Legazpi, san Francisco Javier, fray Juan de Zumarraga, Urdaneta, Churruca, Javier de Munibe, Maurice Ravel, san Ignacio de Loyola, Pío Baroja, Miguel de Unamuno, Eduardo Chillida, Oteiza, Xalbador, Muniategi, Artze anaiak, Agustín Ibarrola, etc.. El euskera estaba presente en el film y la locución la realizó Lourdes Iriondo.

Se rodó en 35 mm., en Techniscope y el cartel anunciador reproducía el apóstol 5 del monasterio de Arantzazu, obra de Jorge Oteiza. Ganó el premio Conde de Foxá en el Festival de Bilbao de 1968.

La película Ama-lur se presentó por primera vez en las pantallas de cine en el año 1968, dentro de la Sección Oficial del Festival de San Sebastián. En los oscuros y difíciles tiempos del más duro franquismo, Basterretxea y Larruquert lograron componer una proeza visual enorme, una creación poética plena de elementos simbólicos, que apela a la sensibilidad del espectador, y presenta a través de un enfoque exquisito y una fotografía cautivadora un país y su identidad.

El combate que ambos artistas libraron contra la tortuosa maquinaria de la censura franquista fue tan lúcido y brillante como su resultado final: una película mítica, una obra de vanguardia de gran calidad estética, en la que el paso del tiempo añade, si cabe, más valor que el que tuvo en el momento de su realización. En el año 2007 se restauró el film editándose en DVD por EKHE, SA. Una de las características más importantes de Ama-lur fue su financiación. Se promovió una cuestación popular con la venta de acciones de la denominada Distribuidora Cinematográfica Ama-lur SA. El proyecto fue liderado por José Luis Echegaray, Andoni Esparza, Cástor Uriarte e Iñaki Cendoya. El lector puede informarse de una manera exhaustiva leyendo el volumen Haritzaren negua. Ama-lur y el País Vasco de los años 60, que editó Euskadiko Filmategia-Filmoteca Vasca en 1999, edición a cargo de José María Unsain y textos de varios.

Proyectos no realizados.

El salto al film de ficción (con actores) se iba a producir con un largo muy deseado (1970). Debía tratarse de la epopeya vasca 'Teodosio' y se estuvo en trámites para coproducirla en Cataluña, pero el film no cuajó por dificultades financieras. La protagonista, Serena Vergano, había dado el sí.

Un segundo proyecto, esta vez de encargo, vino de Miguel de Echarri con guión de Rafael Aguirre Franco que transcurría en el San Sebastián de 1974, pero tampoco prosperó por similares razones. Era una coproducción con Francia, con Alain Delon como actor.

Serie. Entre 1988 y 1992 Basterretxea coprodujo con ETB una serie de 8 capítulos que se tituló 'Arte y culturas en la América prehispánica'. Los capítulos I-IV se titulan 'Hombres del maíz' y los capítulos V a VIII 'Los hijos del sol', que, como sus propios nombres indican, suponen un recorrido poco menos que exhaustivo sobre las culturas indígenas de América en 8 capítulos de 30 minutos cada uno.

Filmografía sobre Nestor Basterretxea. Documental en DVD de José Ángel Irugaray, titulado 'Nestor Basterretxea. Erroen modernitatea', 30', editado por Arteola/Pamiela. 'Conversaciones de Elisabeth Pérez' (DVD) (2013), Museo de Bellas Artes de Bilbao. 'Nestor Basterretxea, una declaración de José Julián Bakedano', (DVD), (2012-2013), Museo de Bellas Artes de Bilbao. 'Nestor Basterretxea' de José María Argoitia, (DVD) (2013).

Bibliografía adicional. Koldo Larrañaga y Enrique Calvo, 'Lo vasco en el cine (Las películas)', Filmoteca Vasca, San Sebastián, 1997. José M. Unsain, 'El cine y los vascos', Filmoteca Vasca, San Sebastián, 1986. Santos Zunzunegui, 'El cine en el País Vasco', Diputación de Bizkaia, Bilbao, 1985.