A finales de 2009, durante la realización de unas obras para reurbanizar las calles Nuestra Señora de Ayala y San Martín de Dulantzi, junto al convento de las clarisas, el descubrimiento de una necrópolis rompió todos los esquemas iniciales. Se sabía que en aquel lugar estuvo la ermita de San Martín, considerada como la parroquia de la antigua aldea de Dulantzi. Pero lo que en ese lugar se halló fue mucho más lejos. La empresa Iterbide S.C. fue la encargada en un primer momento de realizar el preceptivo control de la obra, pero ante la extraordinaria importancia de lo que iba saliendo a la luz, se decidió realizar una excavación en el área, que se desarrolló entre noviembre de 2009 y mayo de 2010.
Recientemente, los arqueólogos de la empresa, Miguel Loza y Javier Niso, han hecho públicos los resultados preliminares de esta intervención en la obra Vasconia en la Alta Edad Media/450-1000, que constituye el segundo volumen de la colección Documentos de Arqueología Medieval, publicada por la UPV y dirigida por el profesor Juan Antonio Quirós. Los arqueólogos encontraron en este lugar varios niveles de ocupación. El más antiguo, prehistórico, corresponde a la Edad del Bronce (segundo milenio antes del Cristo); el siguiente es alto imperial (siglos I-II d.C.), identificado por dos fases, la primera de cabañas, que han dejado los agujeros de los postes y las rozas de sus cimientos, y la segunda ya con una calle empedrada. Cabe destacar que el poblamiento del cercano Castro de Henaio corresponde a una época intermedia entre las dos anteriores. El tercer nivel está constituido por una necrópolis de unas 40 tumbas que, a falta de una datación más precisa, se intuye podría ser tardorromana, de los siglos V-VI.
Asociada a estos enterramientos, se han hallado restos de una gran edificación, datada entre los siglos VI y VII, con trazas de haber sufrido saqueos y arrasamientos posteriores. Los enterramientos y los silos del nivel superior (siglos XII-XIII) habrían tenido parte importante en la destrucción de los restos de este edificio que se pasa a describir.
Los muros estarían construidos con base en mampostería, lajas y restos de épocas anteriores, unidos por una argamasa blanquecina, revestidos de algún otro material. Su planta sería basilical, es decir, una amplia nave rematada por ábside, con orientación este-oeste, formada por varias estancias. Al este, una sala cuadrada absidiada al interior y recta al exterior, de unos 16 m2, con una estela funeraria romana clavada en su centro, probablemente usada como altar, y un enterramiento en la pared norte, sin duda de algún personaje importante, dadas sus características, donde se encontraron los restos de una mujer. Esta sala se comunica al oeste con otra más grande, de unos diez metros de largo por cinco de ancho, cuya cubierta estaría sostenida por pilares, de uno de los cuales se ha encontrado la cimentación. En ella había diez enterramientos, realizados en fosa con ataúd, pues los clavos han llegado hasta estos días.
En la esquina sureste de esa sala habría una puerta, cuyo umbral estaba realizado con una gran lápida funeraria romana, que comunicaba con una pequeña estancia, ubicada al sur de la estancia absidiada descrita antes, en la que se han descubierto otros tres enterramientos, similares a los anteriores. Adosada al extremo suroeste de la gran sala, habría otra pequeña estancia de unos 14 m2, con una especie de pila escavada en medio, con escalones de acceso, revestida de un enfoscado rosáceo. El suelo de esta estancia sería de cantos. Resulta difícil determinar el uso que tuvo este edificio, que además pudo ser variado a lo largo del tiempo. Acaso tuviera en principio una finalidad civil, para más tarde convertirse en iglesia, pero todo esto no son más que conjeturas.
Se trata de unos hallazgos extraordinariamente importantes que arrojan luz sobre la época que se extiende entre la caída del Imperio Romano (476) y la instauración del Reino de Pamplona (824), caracterizada por la expulsión de los visigodos de Aquitania, quienes se establecen en Hispania, el desarrollo del Ducado de Vaconia, la islamización de la mayor parte de la Península Ibérica y la implantación del imperio carolingio.