La representación de Euskadi en la Unión Europea se canaliza a través del Comité de las Regiones, un órgano en el que son los estados quienes deciden cómo dar voz en la UE a sus entes subestatales. España cuenta con 21 asientos en el Comité, que según aprobó el Senado en 1993 se reparten entre 17 miembros de las comunidades autónomas y cuatro alcaldes. El lehendakari López es el portavoz de Euskadi en el Comité, y su suplente es el secretario general de Acción Exterior del Gobierno Vasco, Guillermo Echenique.
El Comité de las Regiones es un órgano consultivo fundado en 1994 para dar voz directa a las entidades gubernativas menores en el ámbito comunitario, que al fin y al cabo legisla principalmente sobre asuntos muy pegados al terreno. Se trataba así de reforzar el principio de subsidiariedad que luego el Tratado de Lisboa consagró como base de la futura construcción europea, aunque en realidad sigan siendo los estados los que toman las grandes decisiones en el Viejo Continente.
Los 344 miembros del Comité, elegidos por mandatos de cinco años, organizan su trabajo a través de seis comisiones: Política de Cohesión Territorial, Política Económica y Social, Educación, Juventud, Cultura e Investigación, Medio Ambiente, Cambio Climático y Energía, Ciudadanía, Gobernanza y Asuntos Institucionales y Exteriores, y Comisión de Recursos Naturales.
Esas comisiones discuten sus puntos de acuerdo y enmiendas a las propuestas elaboradas por la Comisión Europea. El proyecto de dictamen que sale de la comisión correspondiente ha de ser después ratificado en uno de los cinco plenos anuales que celebra el Consejo de las Regiones, y entonces se devuelve al Gobierno de Durao Barroso.
De forma paralela, la Unión Europea tiene su hueco en la CAV mediante Eurobask, que nació en París como Consejo Vasco por la Federación Europea hace ya sesenta años. Olvidada durante años, a mediados de los noventa la institución fue recuperada por el Parlamento Vasco para hacer proselitismo de la causa europea entre los ciudadanos vascos y potenciar las relaciones de Euskadi con otros pueblos y regiones del Continente.
En la actualidad Eurobask -conocido hasta 2006 como Consejo Vasco del Movimiento Europeo- está formado por más de un centenar de miembros, entre ellos los partidos con representación en la Cámara de Gasteiz, sindicatos como CCOO, UGT, EHNE o ELA; las cámaras de comercio, la sociedad Aranzadi o la de Amigos del País; la UNED, la UPV, Deusto y Mondragón Unibertsitatea; o Eusko Ikaskuntza. Como miembros individuales figuran antiguos representantes públicos como Gorka Knörr, Juan Mari Atutxa o Marcelino Oreja.