El 28 de octubre de ese año, con apenas 31 años de edad y tras poner unos meses antes fin a su carrera como jugador, accede a la presidencia en sustitución del ya fallecido José Antonio Santamaría. Su primera decisión resulta revolucionaria e inédita hasta la fecha en el ámbito deportiva del Estado.
SAD. El Baskonia se convierte en Sociedad Anónima, pasando a ser oficialmente SaskiBaskonia S.A.D.
El Baskonia era, por entonces, un equipo de la zona baja que necesitaba algún impulso para codearse con los grandes. La derrota en la final de la Copa de Euskadi ante el Askatuak constituye el detonante para que el lazkaotarra tome la decisión de prescindir del, por entonces, técnico Manu Moreno.
EL RECAMBIO. Fue Zeljko Pavlicevic, que no enderezó el inestable rumbo. Ramón Rivas refuerza la zona.
Este verano, Querejeta apuesta por un técnico de reconocido prestigio como Manel Comas. Con un icono baskonista como el Sheriff al mando de las operaciones, el Baskonia consigue sus primeros grandes éxitos. Velimir Perasovic, campeón de Europa con la mítica Yugoplastika, se convierte en la gran apuesta del presidente que concede otra proyección al equipo. Querejeta nunca ha dudado a la hora de ingresar dinero por la marcha de grandes jugadores y, por eso, Arlauckas ficha por el Madrid.
Tras los éxitos anteriores, un año en el que el Taugrés pierde su enorme potencial competitivo. Los resultados dieron la espalda a un renovado proyecto que no funcionó y ni siquiera se clasificó para la Copa. Como consecuencia de ello, se acaba el ciclo de Comas como máximo responsable del banquillo. En su lugar, llega un desconocido italiano llamado Sergio Scariolo y uno de los mejores jugadores de la historia del club, Elmer Bennett, se incorpora en octubre.
El polideportivo de Mendizorroza empezaba a quedarse pequeño ante la masiva afluencia de espectadores y la propia Liga ACB ya obligaba a disponer de un recinto con una capacidad mínima para 5.000 espectadores. El Pabellón Araba se construye sobre la antigua plaza del ganado y queda inaugurado este año.
PRIMERAS ESTRELLAS. Llegan grandes figuras como Sibilio y Nicola, además de Herb Brown al banquillo.
El Baskonia vuelve a ganar el Campeonato de España junior, pero el equipo ya empieza a ser respetado a nivel doméstico y fuera de las fronteras. Este año pasa a la historia por la doble presencia en las finales de la Copa del Rey y la de la extinta Copa de Europa. Aunque el equipo alavés pierde ambas ante el Barcelona y el Olimpia esloveno en Sevilla y Lausana, Comas comienza a inocular ese intransferible carácter que desde entonces abandera la trayectoria azulgrana en todos los frentes.
Querejeta mantiene intacto su objetivo de hacer del Baskonia un grande de la ACB y Europa. Como la masa social no cesa de crecer, se antoja imprescindible un acuerdo con las instituciones para concretar la primera ampliación del Pabellón Araba, cuyo aforo se estira hasta las 9.500 butacas. Es el año en que recala una futura estrella (Luis Scola), se pierde contra todo pronóstico una final liguera ante el TDK de Creus y se disputa por primera vez la Euroliga.
Bajo la estricta dirección del preparador estadounidense, que implanta una férrea disciplina y con el que empiezan a sentarse las bases de lo que hoy en día es el Laboral Kutxa, el equipo regresa a una competición europea al sellar la clasificación para la Copa Korac de esa campaña. El trabajo con los chicos más jóvenes empieza a dar sus frutos y, prueba de ello, es que el Baskonia consigue su primer título como campeón de España en categoría junior.
Un año histórico en el mandato de Querejeta por asistir al primer título ACB que hoy en día figura en las vitrinas del Buesa Arena. El Taugrés se impuso (88-80) en Granada al Amway Zaragoza en una final que coronó al gasteiztarra Pablo Laso como MVP de la competición. Sin embargo, el título de la Copa de Europa volvió a escaparse en Estambul ante un opulento rival como el Benetton. Pese a la derrota, la afición baskonista dio una maravillosa lección de deportividad.
El segundo título de Copa queda amarrado en Valencia ante el Caja San Fernando. Es la gran conquista de Scariolo antes de, con su cotización por las nubes, poner rumbo al Real Madrid. Querejeta sigue explorando el mercado sudamericano y el ojo clínico de Alfredo Salazar vuelve a dar sus frutos con el aterrizaje de Nocioni. El presidente, sin embargo, toma la medida de prescindir de Salva Maldonado con su equipo en segundo lugar.
Querejeta siempre se ha distinguido a lo largo de su mandato por su capacidad para generar recursos atípicos. Solo así se entiende el brutal crecimiento experimentado por el Baskonia desde su llegada. Dentro de esta mentalidad, se enmarca el acuerdo con Adidas para que la marca alemana suministrará todo el material deportivo al primer equipo. La fructífera relación se prolongó por espacio de nueve años, en concreto hasta 2001.
El 12 de marzo se hizo, por fin, justicia con un Taugrés que hizo diana en su tercera tentativa para conquistar el primer título continental de la historia. En un Pabellón Araba a rebosar y con el PAOK griego como rival, los alaveses hicieron historia (88-81) tras una actuación que todavía pone la piel de gallina a toda la hinchada. Aquella inolvidable plantilla fue desmantelada unos meses más tarde con los traspasos de Marcelo Nicola al Panathinaikos y Ramón Rivas al Barcelona.
Tras el asesinato de Fernando Buesa a manos de ETA, el pabellón Araba pasa a adquirir el nombre del edil socialista que tanto luchó en su día para que el Baskonia dispusiese de un pabellón de primer nivel. Querejeta toma una decisión trascendental en su mandato como es el fichaje de Dusko Ivanovic, con el que se inicia el ciclo más exitoso de la historia del club. Splitter, otro bisoño brasileño todavía sin pulir, se convierte en la enésima apuesta de futuro.
