Igor Rakocevic fue presentado por el Baskonia el 13 de julio de 2006 con un contrato por tres temporadas. El serbio aterrizó en Vitoria con la carta de libertad procedente del Real Madrid, con el que rompió el vínculo que tenía firmado hasta 2009. Entró con gran pie, ya que puso su granito de arena para que el conjunto vitoriano conquistase aquel año la Supercopa celebrada en Málaga. En la ACB, también debutó de manera inmejorable al anotar 15 puntos en la victoria del TAU en Valencia ante su primer equipo en España. En su primera campaña como azulgrana, no conseguiría más títulos. El serbio se quedó a las puertas de la gloria en la Final Four de Atenas, mientras que a nivel doméstico también tuvo que maldecir la eliminación en semifinales tanto en la Liga ACB como en la Copa del Rey ante el Barcelona y el Real Madrid, respectivamente. Su inclemente arsenal ofensivo le permitió conquistar el trofeo Alphonso Ford que distinguue al máximo

anotador de la Euroliga.

La temporada 2007-08 fue más fructífera en cuanto a títulos. No en vano, el dos nacido en Belgrado no sólo hizo blanco en la Supercopa sino que también colaboró activamente para que el Baskonia conquistara, a las órdenes de Neven Spahija, su segundo entorchado liguero de la historia. En realidad, puso ser una campaña redonda, ya que el grupo dirigido por el técnico croata perdió la final de la Copa del Rey en el Buesa Arena ante el Joventut y fue apartado por el CSKA de la final de la Euroliga tras un discutible arbitraje en la semifinal celebrada en Madrid. En el ejercicio 2008-09, Rakocevic suma dos nuevos títulos con la formación gasteiztarra al izar la Supercopa en Zaragoza y la Copa del Rey en Madrid. El Barcelona, verdugo tanto en los cuartos de Euroliga como en la final de la ACB, se convierte, a la postre, en su bestia negra.