Con Sancho Garcés III, otro de los monarcas de esta misma dinastía y padre del fuero de Nájera, origen de la legislación navarra, alcanzó su máximo apogeo. Tras su muerte, su imperio se repartió entre sus cuatro hijos. Es su primogénito, el futuro rey García Sánchez III, quien hereda los territorios de Nájera y Pamplona y comienza la construcción del monasterio. A su muerte le sucede Sancho Garcés IV, quien culmina las obras del cenobio. En junio de 1076, este monarca es despeñado por su hermano Ramón en Peñalén, un paraje situado en las cercanías de la localidad navarra de Funes. Con él muere también el reino najerense.
Cuenta la tradición que en 1044 García Sánchez III salió a cazar con sus halcones. Una de sus aves se perdió mientras perseguía a una perdiz. El monarca se internó entre los árboles en su búsqueda y se topó con una cueva de la que salía un gran resplandor. En su interior encontró un altar iluminado con una lámpara de aceite, y sobre él, una imagen de la Virgen, así como una campana y un jarrón con azucenas.
Al año siguiente el monarca conquistó Calahorra (La Rioja) a los sarracenos y con el botín obtenido decidió construir un monasterio en el mismo lugar donde encontró la gruta. Todo ello, en agradecimiento a la Virgen por su ayuda en la batalla, como sede episcopal y para que sirviera de panteón real para los miembros de su familia. También en aquellos años instituyó la Orden Militar de los Caballeros de la Jarra, la primera entre los reinos cristianos peninsulares. Una vez iniciadas las obras del monasterio, el rey quiso enriquecerlo trayendo los cuerpos de San Millán y San Felices, sin conseguirlo.
La fecha de consagración del cenobio debió ser sobre 1056, dos años después de la muerte del rey en la batalla de Atapuerca (Burgos), que le enfrentó contra su hermano Fernando I de Castilla. Siglos después, en 1422, se iniciaron las obras del nuevo templo, que sustituyó al anterior de estilo románico.
Su aspecto a partir de entonces sería el de una fortaleza, debido a los seis grandes contrafuertes cilíndricos que sostienen la cabecera. En el primer cuarto del siglo XVII se edificó la portada y se instaló el retablo mayor de estilo barroco.
Una de las mayores tropelías que sufrió el edificio ocurrió durante la invasión napoleónica en el siglo XIX. Las tropas de Bonaparte ocuparon el lugar y se dedicaron al saqueo y la destrucción. En el claustro, por ejemplo, decapitaron la mayoría de las esculturas. Años después, con motivo de la desamortización de Mendizábal, los religiosos fueron expulsados y el monasterio quedó abandonado, sufriendo daños irreparables.
El monasterio se usó a partir de entonces como cuartel de infantería, depósito de obras públicas, almacén o teatro. En 1895 se hicieron cargo del cenobio los franciscanos y comenzó su lenta recuperación. Unos años antes, en 1889, había sido declarado Monumento Histórico Artístico Nacional. Lo que se ve hoy en día conserva muy poco de sus primeras trazas, tan solo la cueva y algunas piezas escultóricas.
La iglesia y la cueva
Lo más destacable de la iglesia es su retablo de estilo barroco cubierto de pan de oro. En el centro del mismo se encuentra el camarín con la imagen románica de madera policromada de Santa María la Real. A sus lados le acompañan las figuras de los fundadores de la orden benedictina y las de los fundadores del monasterio. También una jarra con azucenas (emblema del monasterio), una lámpara y una campana.
En la nave lateral izquierda se puede contemplar una réplica del retablo anterior al actual. Parte del original se conserva en el museo de Bellas Artes de Amberes (Bélgica), al que llegó después de ser vendido en el siglo XIX. Como curiosidad, decir que la Corona Imperial del Estado, que forma parte de las joyas de la corona británica, lleva engarzado en el centro de la cruz un rubí procedente de una Virgen del monasterio. Fue llevado a Inglaterra por el Príncipe Negro en pago por su ayuda a Pedro I de Castilla en sus guerras contra su hermano Enrique de Trastámara.
Por último, debajo del coro del siglo XV se halla la entrada a la cueva donde Sancho Garcés III encontró la imagen mariana. La talla que se encuentra en su interior, de finales del siglo XIII, se trasladó aquí desde la capilla del alcázar real.
el panteón real, y más
Construido en 1556, el Panteón Real se sitúa debajo del coro, junto a la entrada de la cueva y cerrado por una verja. Antiguamente se encontraba decorado con pinturas murales del siglo XVI. En su interior hay dispuestos doce sarcófagos, seis a cada lado de la entrada a la gruta.
Esculpidos en piedra blanca y estilo renacentista, diez de ellos se encuentran decorados con figuras yacentes sobre la cubierta y los dos restantes, pertenecientes a los reyes fundadores, García Sánchez III y Estefanía de Foix, y aún policromados, con figuras orantes. Aquí se encuentran enterrados, entre otros, Sancho Garcés II y su esposa Urraca Fernández, Sancho Garcés IV, y Sancho VI de Navarra y su esposa, Sancha Beatriz. Los doce moradores pertenecen a las dinastías pamplonesas y navarras de los Abarca y García Ramírez.
Por su parte, el panteón de los Infantes, con trece sepulturas, acoge a miembros de familias reales de menor importancia. En el centro destaca la cubierta románica del sepulcro de la esposa de Sancho III de Castilla, Blanca de Navarra. La reina consorte murió de sobreparto al dar a luz al futuro Alfonso VIII de Castilla, cuando tenía tan solo dieciocho años de edad. La lauda tiene forma rectangular con vertientes a dos aguas. Las dos caras laterales aún conservan esculturas con pasajes de la vida de la reina.
Por otro lado, en el mausoleo de los duques de Nájera, que gobernaron la ciudad entre 1482 y 1600, destacan las sepulturas del primer duque, Pedro Manrique III de Lara, que participó junto a Fernando el Católico en la conquista de Granada y fue virrey de Navarra después de la conquista en 1512, y la de Juan Esteban Manrique de Lara, virrey de Navarra en 1521 y a cuyo lado luchó Iñigo de Loyola en el cerco de Iruña.
También destaca el claustro de los Caballeros, obra maestra de la arquitectura y de la escultura del siglo XVI, que se denomina así porque fue el lugar elegido por muchos nobles navarros de los siglos XVI y XVIII para ser enterrados. Tiene planta rectangular cubierta por bóvedas estrelladas. Se accede a él a través de la puerta de Carlos I de España, de nogal y estilo gótico flamígero.
Llama la atención el gran escudo con el águila bicéfala, realizado en su honor por su contribución en la construcción del claustro. Al lado de la puerta se encuentra la escalera real que da acceso al claustro superior. Fue construida en 1594 en estilo renacentista y cubierta por una cúpula. También en este mismo lugar destacan dos grandes portaladas; la de San Juan, renacentista con decoración plateresca, y la Puerta de los Reyes, adornada con los escudos de Navarra y Castilla y León. Los sepulcros aquí son varios. Por un lado, el de la reina de Portugal, Mencía López de Haro, y el del noble cántabro Garci Lasso Ruíz de la Vega; y por otro, el del señor de Vizcaya, Diego López de Haro, y el de su segunda esposa Toda Pérez de Azagra.