Benedicto XVI hizo un guiño simpático y se actualizó ante el mundo al convertirse en el primer pontífice con presencia activa en las redes sociales (el 12 de diciembre de 2012, lanzó su primer tuit). Sin embargo, gran parte de sus ocho años de papado estuvieron dedicados a lidiar con el pasado y los escándalos de la Iglesia, en especial las acusaciones de abusos sexuales por parte de sacerdotes contra niños y jóvenes.
Estos escándalos causaron gran impresión en Ratzinger, que no entendía -tal y como dijo- que los hombres de Iglesia, los que tienen que dar más ejemplo, fueran capaces de "delitos tan atroces". Pidió perdón a las víctimas de esos abusos y a sus familiares, a la vez que puso en marcha una serie de medidas para que nunca más se produjeran casos similares. Sin embargo, no se libró de ser acusado de no haber atajado el problema durante su labor como arzobispo de Múnich y en su etapa de prefecto de la Congregación para la Doctrina de la Fe.
Sus tendencias conservadoras también le convirtieron en objetivo de la ira de los no católicos que se sintieron ofendidos por sus comentarios difamatorios, como cuando en 2006 se refirió al Islam como una religión "malvada e inhumana". El Papa insistió en que los comentarios fueron sacados de contexto, pero eso no acalló las protestas. Además, su conservadurismo en cuestiones eclesiásticas y sexuales dividió con frecuencia a diversos sectores de la Iglesia y le granjearon críticas de la comunidad científica mundial.
En los últimos meses de su mandato saltó el escándalo conocido como Vatileaks, en el que el exmayordomo del Papa filtró información interna confidencial a los medios italianos, incluyendo la imagen de un Papa débil manipulado por las intrigas vaticanas.
Su primer viaje oficial fuera de Italia lo realizó en agosto de 2005 a Alemania, su país natal, donde visitó la sinagoga de Colonia. En sus años de pontificado ha visitado una veintena de países, entre ellos España, donde viajó en tres ocasiones, 2006, 2010 y 2011.
Benedixto XVI ha publicado tres encíclicas Deus caritas est (2006); Spe salvi (2007) y Caritas in veritate (2009) y el nuevo compendio del Catecismo de la Iglesia Católica en 2005. En 2007 eliminó el limbo, suprimió la elección de Papa por mayoría simple, propició la celebración de la misa en latín, según el rito tridentino y en 2008, modificó, en el Missale Romanum, la plegaria por los judíos.
En 2009 revocó la excomunión a los obispos ordenados por Lefebvre y abrió las puertas de la Iglesia de Roma a los tradicionalistas anglicanos. En 2010 promulgó el documento para luchar contra el blanqueo de dinero en las instituciones financieras vaticanas.
