Hombre enérgico y tenaz, Xabier Agirre protagonizó uno de los momentos más polémicos de la política alavesa de las últimas décadas cuando desveló, en 2011, las presiones recibidas por parte de la desaparecida Ezker Batua para convertirle, de nuevo, en diputado general de Álava. Agirre contaba, entonces, con el apoyo de EH Bildu para su reelección, frente al candidato popular, Javier de Andrés, respaldado por su partido y el PSE. El desempate, estaba en manos de las dos representantes de EB.
En lo que calificó como un "chantaje", Agirre desveló en su última intervención en el pleno de investidura las condiciones impuestas para poder ser de nuevo diputado general. EB ponía como condición la recolocación de 39 afiliados suyos en un maquillado proceso de selección en la dirección de la obra social de la BBK, el consejo de administración de Caja Vital, el Teatro Arriaga o el Palacio Euskalduna, entre otros. Amén de dinero para su uso exclusivo. Y dijo que no.
No fue, sin embargo, el único momento en los que le tocó bregar contra la adversidad. El año 2010 se convirtió en su bestia negra cuando, en noviembre, expulsó a los dos junteros de EA que formaban parte de su gobierno por enmendar el presupuesto de la Diputación. Meses antes tuvo que hacer frente la detención de su diputado de Administración Local, Alfredo de Miguel. Un "trago muy duro" como siempre reconoció que gestionó bajo las directrices de "tolerancia cero", "disposición de colaboración con la justicia", "aplicación con todo el rigor de la ley" y "depuración máxima de responsabilidades".
En el año 2012, dejó el cargo de juntero para pasar al Parlamento Vasco, donde permaneció hasta 2016, cuando se retiró de la política vasca tras jubilarse.
