Si bien en términos estrictos la rebelión estalló un día antes de lo previsto, el 17 de julio de 1936, cuando el ejército de Marruecos se levantó contra el Gobierno republicano, se puede decir que la guerra comenzó en Nafarroa. Y es que el alzamiento de los sublevados triunfó de inmediato en la Comunidad foral, el mismo 18 de julio, cuando su gobernador militar, el general Mola, recibió el apoyo de los Requetés Carlistas y se hizo con el poder. En este sentido, el inicio y posterior desarrollo del conflicto en Euskadi tuvo dos partes diferenciadas: en Nafarroa y Araba las tropas fascistas triunfan prácticamente desde el primer momento -en Gasteiz costó algo más sustituir al gobernador civil- y en Bizkaia y Gipuzkoa los que se impusieron fueron los republicanos.

Se da la circunstancia de que, en los bandos de guerra que publicaron los generales al levantarse en armas, no se hacía mención a la reivindicación nacional vasca, pero sí a la catalana; así, esgrimieron la ruptura de la unidad de la nación española como una de sus motivaciones. Con posterioridad, ya avanzado el conflicto, llegarían argumentos del bando nacional como el supuesto maltrato a la Iglesia por parte de la República o abrazar, a petición de los Requetés, la idea monárquica. De hecho, en esos primeros compases la idea de los militares era dar un golpe de Estado, acceder al poder y establecer algún tipo de dictadura pero sin eliminar la República, al menos en apariencia.

Desde el comienzo de la guerra hasta septiembre de 1936 los combates en Euskadi se produjeron sobre todo en Gipuzkoa. Los franquistas empezaron atacando por Oiartzun pero de inmediato pasaron a la zona del Bidasoa, ya que su objetivo era aislar todo el norte peninsular y cortar la comunicación del frente republicano en Gipuzkoa, Bizkaia, Santander y Asturias con Francia. Los sublevados ocuparán Irun el 5 de septiembre y el día 13 llegan a Donostia. El resto de Gipuzkoa cayó de inmediato y el frente fue desplazándose hacia Bizkaia.

El mes siguiente, octubre de 1936, fue prolijo en acontecimientos en la CAV, y con escasos días de diferencia se aprobó el Estatuto de Autonomía y se creó el Gobierno Vasco con el lehendakari José Antonio de Agirre al frente. En Madrid se estaban llevando a cabo negociaciones para formar un nuevo Gobierno republicano que aglutinara a todas las fuerzas que estuvieran contra la sublevación, y se quería incluir en el mismo al PNV. Se ofreció a Agirre la cartera de Obras Públicas, que este rechazó, y el PNV puso en cambio sobre la mesa la cuestión del Estatuto. Dicho y hecho, el 1 de octubre las Cortes españolas nombran presidente a Francisco Largo Caballero, un diputado socialista del ala más izquierdista, y se forma el Gobierno republicano. Ese mismo día se aprueba el Estatuto de Autonomía y una semana después se realiza en Bilbao una votación para elegir lehendakari. Dado que no se podían celebrar unas elecciones al uso, se colocaron cinco mesas y todos los concejales de municipios que no estuvieran bajo el dominio franquista votaron. José Antonio de Agirre fue elegido por la mañana, y por la tarde juró el cargo en Gernika y presentó a su gabinete, con programa de gobierno incluido.

Muy ligado a este Ejecutivo estuvo Eusko Gudaroztea, las milicias del PNV creadas en agosto del 36 en una junta de defensa en Azpeitia. Formado por 28 batallones, su función era luchar en el frente y mantener el orden público en la retaguardia, en las localidades vascas. Tuvo un año de vida, hasta la caída de Bilbao y la firma del Tratado de Santoña; entonces los gudaris se desplazaron a Santander, donde siguieron combatiendo, y algunos hasta Asturias, que cayó en octubre de 1937.

Tras la conquista de Gipuzkoa, el frente quedó estabilizado en Ondarroa, que fue ocupado por el bando sublevado en octubre de 1936. No sería hasta el 31 de marzo del año siguiente cuando se retomaría la ofensiva contra Bizkaia, que se inició con el bombardeo de Durango. El 26 de abril de 1937, aviones alemanes e italianos arrasaron Gernika en un bombardeo que, como los que tuvieron lugar en Bilbao y otros enclaves, no buscaban tanto alcanzar cuarteles o unidades militares republicanas sino hacer mella en la población civil. Esta utilización del terror en la población como arma de guerra desembocó en un exilio masivo, también de niños.

Cinturón de Hierro Las tropas fascistas entraron en Bilbao el 19 de junio, acabando así con el último foco de resistencia en la CAV después de que el llamado Cinturón de Hierro, formado por trincheras, alambradas, ametralladoras y lugares de observación, se desmoronara como un castillo de naipes. Se trataba de una línea de defensa levantada por orden del Gobierno Vasco que trataba de proteger a la capital vizcaína y más allá, pero que no cumplió su objetivo de aguantar un sitio prolongado. Por un lado, no llegó a completarse en su totalidad, y por otro sufrió el espionaje e incluso la deserción de uno de los ingenieros de la obra, lo que provocó que el ejército franquista pudiera atacarlo por sus puntos más débiles.

La guerra terminó en Euskadi cuando José Antonio de Agirre firmó el Manifiesto de Trucíos, el 30 de junio de 1937, momento en que las tropas vascas partieron hacia Cantabria. En el mismo, el lehendakari afirmaba que “con absoluto descaro invocan nuestros enemigos el derecho de conquista. Lo negamos para siempre. El territorio habrá sido conquistado; el alma del Pueblo Vasco, no; no lo será jamás”. Poco después, el 24 de agosto, llegó el Pacto de Santoña, suscrito por los batallones nacionalistas con las fuerzas italianas del bando de Franco como forma de rendición.

A partir de ese momento, y en su periplo por todo el mundo como exiliado -aunque residió sobre todo en París-, Agirre se dedicó a mantener viva la llama del Gobierno Vasco y la idea de la nación vasca. Entendía que, como representante del pueblo, esa era su obligación hasta que los vascos tuvieran la posibilidad de elegir a otro lehendakari. Sin embargo, no sobrevivió a Franco y falleció en 1960, por lo que no pudo ver este anhelo cumplido.

Antes, con el fin de la segunda Guerra Mundial en 1945, en España se esperaba, incluidos los franquistas, que los aliados entraran en el país y acabaran con el régimen. No fue así porque, con la guerra fría en pleno apogeo, no les interesaba desbancar a Franco para evitar que los comunistas se hicieran con el poder. Ya en los 50 llegaron los reconocimientos al régimen, por ejemplo por parte del Vaticano. Pero no todos le abrieron las puertas, y España tuvo que esperar hasta después de la Transición para entrar en la Comunidad Económica Europea.