Gasteiz - A lo largo de su trayectoria, uno de los asuntos que más relevancia ha reportado a Manos Limpias es el denominado caso Atutxa. Al negarse a disolver el grupo parlamentario Sozialista Abertzaleak, fueron imputados por un delito de desobediencia el entonces presidente del Parlamento Vasco, Juan María Atutxa, y los miembros de la Mesa de la Cámara de Gasteiz que rechazaron disolver el grupo parlamentario de la izquierda abertzale, Gorka Knörr y Kontxi Bilbao.
Dado que los tres imputados eran aforados, la causa se tramitó ante el Tribunal Superior de Justicia del País Vasco (TSJPV) y formularon querella tanto el Ministerio Fiscal como la acusación popular, ejercida por Manos Limpias. La instructora acordó el sobreseimiento de la causa al no considerar los hechos constitutivos de delito. Sin embargo, Manos Limpias decidió recurrir en casación al Tribunal Supremo, pese a que el Ministerio Fiscal decidió no recurrir. En esta cuestión no se aplicó la denominada doctrina Botín, por la que no se podía seguir adelante con una causa penal si solo pedía condena una acusación popular. Hay que recordar que había sido el propio Tribunal Supremo quien había acordado las bases de la doctrina Botín. Atutxa fue condenado a inhabilitación para ejercer cargo público durante un año y seis meses, además del pago de una multa. Knörr y Bilbao fueron condenados a inhabilitación por un año y multa.
Henchido por lo que consideró un gran triunfo de su asociación, nada más conocerse la sentencia del Tribunal Supremo, Miguel Bernad pidió la destitución del entonces Fiscal General del Estado, Cándido Conde-Pumpido, y de quien ejercía el cargo de fiscal superior de la Comunidad Autónoma Vasca, María Ángeles Montes, por haber defendido la absolución de Atutxa, Knörr y Bilbao. “El tribunal les quita la razón y les contradice en la postura que han mantenido en los últimos años. Han demostrado que no sirven para el cargo”, apostilló entonces el presidente de Manos Limpias. - J. Núñez