Si bien es una reminiscencia medieval, la confección de un escudo se mantiene y, partiendo de los datos que ya se conocen de la persona, aun a riesgo de no acertar en las interpretaciones o de cometer algún error en materia de heráldica, a continuación se ofrece una primera interpretación de los elementos del escudo del nuevo obispo de Vitoria.

Como es norma en la heráldica eclesiástica episcopal, el escudo está enmarcado por un sombrero de sable, de ala ancha (capelo) de color verde, adornado con doce borlas, seis a cada lado, que indican que es de un obispo (y no de un arzobispo o de un cardenal con 15 borlas a cada lado; o del papa, que lleva en lugar de sombrero la tiara, una borla a cada lado y las llaves del reino). El campo del escudo es del tipo partido en dos cuarteles. Lado izquierdo sobre fondo verde, color episcopal. El lado derecho sobre fondo rojo o gules. En el lado izquierdo con fondo verde encontramos el castillo del escudo, que pertenece a la heráldica del apellido de los Elizalde. Bajo el castillo, los dos leones en la misma posición que en el escudo de Vitoria. Esto entroncaría su apellido Elizalde con la diócesis gasteiztarra.

En la parte inferior, una concha. Ésta suele evocar el bautismo, pero también es una referencia a la concha del peregrino del Camino de Santiago. La concha es una vieira y el color amarillo es el usado en la Ruta Jacobea para señalarlo. Juan Carlos Elizalde ha realizado en dos ocasiones el Camino de Santiago y su vida sacerdotal está muy ligada a Roncesvalles, uno de los puntos emblemáticos de esta ruta de peregrinación.

En el lado derecho sobre fondo rojo, la hostia consagrada y el cáliz, símbolos de la eucaristía. Un ajedrezado o taqueado en oro y negro que se antoja una referencia a todo el románico que salpica la geografía del norte y especialmente la Ruta Jacobea. Y por último, un libro con dos letras e que representa a los evangelios, la palabra de Dios. La cruz y báculo fundido en un único icono detrás del escudo completa la iconografía. Y el lema Tu es filius meus dilectus/Tú eres mi hijo amado está tomado del Evangelio de Marcos y corresponde a la voz que viene del cielo cuando Juan Bautista bautiza a Jesús en las aguas del río Jordán. En euskera: Zu zaitut neure semea, neure maitea. El diseño de un escudo para un eclesiástico, hoy es un hecho anecdótico que no tiene más trascendencia que la que el protagonista quiera adjudicarle.