La lista en la que se incluye a todos los ciudadanos con derecho a voto es responsabilidad del Instituto Nacional de Estadística, un organismo dependiente del Estado. La Generalitat deberá buscar vías alternativas que ha rehusado explicar hasta el momento. En principio, se pueden llegar a activar otros mecanismos para acceder a los datos, pero la mayor limitación reside en las posibles consecuencias legales de su utilización en una votación no permitida.
La Ley del Referèndum d’Autodeterminació establece que los ayuntamientos abrirán los colegios electorales que habitualmente se utilizan en unos comicios convencionales. No obstante, los consistorios regidos por PSC y PP se negarán a habilitar instalaciones. Así, la Generalitat se ha comprometido a abrir locales alternativos, aunque su localización es aún desconocida y no cuenta con sede en todos los municipios catalanes.
Ante las insistentes amenazas del ejecutivo español de aplicar medidas disciplinarias e incluso penales a los funcionarios que colaboraran en el desarrollo del referéndum, el Govern ha decidido evitar poner a sus trabajadores en un brete. Pese a que la Ley del Referèndum d’Autodeterminació dice amparar la actuación de cualquier agente electoral, los independentistas recurrirán a una bolsa de voluntarios en la que cualquier ciudadano catalán con derecho a voto podrá inscribirse, tal y como ocurrió en el 9-N. El hecho de que el personal vaya a ser voluntario -sin ser necesariamente funcionario- no cambia mucho las cosas, ya que el fiscal general del Estado, José Manuel Maza, ya ha advertido de que actuará contra ellos si considera que la consulta del 1-O es ilegal.
Catalunya es la única comunidad autónoma que no ha aprobado una legislación electoral propia debido a la imposibilidad de llegar a un acuerdo entre los partidos. Así, la Junta Electoral que se pone en marcha en otros procesos depende directamente del Estado. Los organizadores del 1-O han creado una Sindicatura Electoral, pero su elección -por mayoría absoluta del Parlament- plantea muchas dudas acerca de su independencia.
Para evitar que el cartón vuelva a empañar la imagen de la cita, el Govern puso en marcha un concurso público para la adquisición de 8.000 urnas de metacrilato como las que se usan en otros procesos electorales. Pese a quedar desierto, la Generalitat habría recurrido a una adquisición secreta que impida su decomiso. En el caso de los sobres y las papeletas, el proceso ha sido adjudicado a cuatro empresas por un importe total de 75.000 euros.
Un presidente y dos vocales deben estar presentes en cada mesa electoral para identificar a todos los ciudadanos que puedan y deseen ejercer su derecho al voto. La designación se hará por sorteo público y, en principio, todos los elegidos están obligados a acudir el día de la votación. Sin embargo, la norma legal impulsada para el 1-O no prevé la aplicación de las sanciones recogidas en el Código Penal para cualquier proceso electoral.
La Administración debe mostrar una posición neutral en todo proceso electoral. Los integrantes del Govern no pueden alimentar las posiciones de ninguna de las dos opciones, al menos desde sus responsabilidades gubernamentales. En anteriores citas, concretamente en la votación de la reforma del Estatut en 2006, la Junta Electoral recriminó al Ejecutivo de Pasqual Maragall el mero llamamiento a la participación.