SU carrera religiosa le llevó a recibir el título de Ayatollah en el año 1961 y encabezó el Islam chiíta desde el ejercicio 1962. Hostil a las reformas del Sha que afectaban a las propiedades del clero chií, fue arrestado y expulsado del país. Desde el exilio en la ciudad iraquí de Najaf llamó al derrocamiento de la monarquía de los Pahlevi a los que acusaba de impíos y de estar al servicio de los Estados Unidos.
El descontento social en la década de los setenta le hizo crecientemente popular en su país. Dirigió el levantamiento que llevó al derrocamiento del Sha el 16 de enero de 1979 y volvió en loor de multitudes el 1 de febrero, siendo aclamado como líder religioso de la revolución en Irán.
En el mes de diciembre un referéndum aprobó el establecimiento de una república islámica en Irán, siendo Rujola Jomeini nombrado líder político y religioso vitalicio.
Impuso un régimen dirigido por los ayatolás (clérigos chiíes) y reimplantó la "sharia" o ley islámica. La represión contra cualquier tipo de oposición fue brutal. En el terreno internacional rompió la larga alianza con Estados Unidos y llamó a los musulmanes a luchar contra los dos imperialismos, norteamericano y soviético.
Mientras tanto, trató de exportar su revolución islámica a los países vecinos. Apoyó el asalto de la embajada norteamericana en Irán el 4 de noviembre de 1979 y la toma de rehenes entre el personal diplomático.
Este secuestro se mantuvo por más de un año.
Tras ser atacado por Sadam Hussein en el año 1980, se negó a firmar ningún acuerdo que pusiera fin a la sangrienta y brutal guerra entre Irak e Irán, confiando en vencer y derrocar al dictador de Bagdad, que apoyaba Estados Unidos.
Finalmente en 1988, estando los dos países totalmente exhaustos debido al conflicto, se avino a firmar un alto el fuego. Cabe recordar que murió al año siguiente siendo aún una figura carismática entre los ciudadanos del pueblo iraní.
